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メチル化依存性DNA切断酵素

 

5-methylcytosine(5-mC)、5-hydroxymethylcytosine(5-hmC)を含む

CpG 配列の抽出が可能


MspJI、LpnPI、FspEI を用いれば、ゲノムDNA から、メチル化DNA 特異抗体や、メチル化DNA 結合タンパク質を用いずに簡単に、5-mC、5-hmC 修飾されたCpG 配列を抽出することができます。MspJI、LpnPI、FspEI はそれぞれの認識配列を含むメチル化CpG サイトを含む32bp の断片をゲノムDNA から切出します(図1、2、3)。


一方でこれらの酵素は非メチル化配列は認識しないため、この32bp の断片はメチル化された配列のみを含んでいます。なお、ヘミメチル化の場合も認識配列の5' 側のみを切断するので32bp 断片を生じないため、この断片の中にはヘミメチル化された配列も含みません。





    図1:MspJIによるmCpG配列を含む32bp断片の切断


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    図2:FspEIによるmCpG配列を含む32bp断片の切断


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    図3:LpnPIによるmCpG配列を含む32bp断片の切断


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