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新型コロナウイルスのシーケンス

SARS-CoV-2 の検出と解析、とくにシーケンスを中心とした製品、プロトコールおよび論文を紹介します。SARS-CoV-2 のシーケンスと COVID-19 サンプルのメタトランスクリプトーム解析による疫学、メタゲノム、診断への応用が内容に含まれています。なお一部はプレプリントであり査読論文でないことにご留意ください。

新型コロナウイルスの全ゲノム解析製品

関連製品 (RNA 精製、リアルタイム PCR、等温増幅用試薬など)

 

【Nanopore シーケンス】
image NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies)
本キット (NEB #E7660) は ARTIC プロトコールに基づいて開発された新型コロナウイルスの全ゲノム解析のためのライブラリー調製キットである(Nanopore 用)。RT-PCR でウイルスゲノムの全領域をカバーするように アンプリコン(400 bp)を合成、Nanopore 用にライブラリー調製を行う。プライマーの改良により、ゲノムカバレッジと depth の均一性が向上している。
 

 

 

 

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nCoV-2019 sequencing protocol v3 (LoCost)

Quick, J.

University of Birmingham
 
nCoV-2019 の ARTIC アンプリコンシーケンス・プロトコール (MinON 用) のバージョンアップ版。特に逆転写反応とライゲーションが改良され、反応溶液量を低減、さらにマルチプレックス数が増えた。bioRxiv で公開をしている:Improvements to the ARTIC multiplex PCR method for SARS-CoV-2 genome sequencing using nanopore
 

  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)

  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)

      または Q5 Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase (NEB #M0493)

  ・Deoxynucleotide (dNTP) Solution Mix (NEB #N0447)
  ・Nuclease-free Water (NEB #B1500S)
  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・Blunt/TA Ligase Master Mix (NEB #M0367)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

 

 

image 
nCoV-2019 sequencing protocol v2

Quick, J.

University of Birmingham, ARTIC Network
 
nCoV-2019 の ARTIC アンプリコンシーケンス・プロトコール (MinON 用)。One-pot native barcoding を付加。
 

  ・Q5 Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase (NEB #M0493)

  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

 

 

image PCR tiling of COVID-19 vNEBirus with Native Barcoding Expansion 96 (EXP-NBD196)
Oxford Nanopore Technologies
 

Josh Quick らの ARTIC Network プロトコール (上記参照) に基づいた 400 bp の PCR tiled アンプリコン・シーケンスのプロトコール。cDNA 合成とライゲーションステップのアップデートされている。さらにバーコード数も追加、Oxford Nanopore Technologies 社の MinION および GridION に対応。

 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)

  ・Blunt/TA Ligase Master Mix (NEB #M0367)

  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

   
image PCR tiling of COVID-19 virus
Oxford Nanopore Technologies
 

Josh Quick らの ARTIC Network プロトコール (上記参照) に基づいた 400 bp の PCR tiled アンプリコン・シーケンスのプロトコール。Oxford Nanopore Technologies 社から提供。

 

  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)

  ・Random Primer Mix (NEB #S1330S)

  ・Deoxynucleotide (dNTP) Solution Mix (NEB #N0447)

  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

   
image nCoV-2019 environmental sample sequencing protocol
Diaz-Munos, S. et al.
University of California, Davis
 

nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt) V.2 の改良プロトコール。環境サンプルおよび低濃度サンプルからの ARTIC MinION シーケンスに対応。

 

  ・Q5 Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase (NEB #M0493)

  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

   
image LamPORE: rapid, accurate and highly scalable molecular screening for SARS-CoV-2 infection, based on nanopore sequencing
James, P. et al.
Oxford Nanopore Technologies
 

SARS-CoV-2 ゲノムのアンプリコンを作成 (~ 2 kb)、Nanopore でシーケンスするためのプロトコール。

 
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

   
image Long reads nanopore sequencing to recover SARS-CoV-2 whole genome  v.3
Resende, P.
Oswaldo Cruz Institute; Pathogen Genomics Unit and UCL Genomics, University College London
 

SARS-CoV-2 ゲノムのロングアンプリコン・シーケンス用プロトコール (~2kb)。Oxford Nanopore Technologies 社シーケンスに対応。

 
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II End Repair / dA-Tailing Module (NEB #E7546)
  ・NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)
  ・NEBNext Quick Ligation Module (NEB #E6056)
 

 

 

 

image Rapid detection of SARS-CoV-2 and other respiratory viruses by using LAMP method with Nanopore Flongle workflow
Li, J. et al.
GrandOmics Genomics, GrandOmics Diagnostics, Wuhan and Beijing, China.
 

LAMP 法 (核酸等温増幅の一種) を利用した SARS-CoV-2 の迅速検出および Oxford Nanopore Technologies 社シーケンス用ワークフロー。他の呼吸器感染症ウイルスにも対応。

 

  ・Bst 2.0 DNA Polymerase (NEB #M0537)

  ・LAMP 法 (核酸等温増幅) の概要

 

 

【Illumina シーケンス】
image NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina)
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina)
本キット (NEB #E7680, E7650) は ARTIC プロトコールに基づいて開発された新型コロナウイルスの全ゲノム解析のためのライブラリー調製キットである(Illumina 用)。RT-PCR でウイルスゲノムの全領域をカバーするように アンプリコン(150 bp または 400 bp)を合成、Illumina 用にライブラリー調製を行う。プライマーの改良により、ゲノムカバレッジと depth の均一性が向上している。
 

 

 

 

image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol V.5
DNA Pipelines R&D et al.
Wellcome Sanger Institute
 

Using the ARTIC SARS-CoV-2 primers, this protocol generates libraries of 400bp tiled amplicons, followed by sample pooling and sequencing on the Illumina NovaSeq.

 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II DNA Library prep kit for Illumina (NEB #E7645)
 
 

 

image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol - high throughput 384 format V.2
DNA Pipelines R&D et al.
Wellcome Sanger Institute
 

For higher density of sample processing, this adaptation of the COVID-19 ARTIC v3 protocol is compatible with 384 samples.

 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II DNA Library prep kit for Illumina (NEB #E7645)
 
 

 

image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol - short amplicons (275bp)
Betteridge, E. et al.
Wellcome Sanger Institute and University of Birmingham
 

This protocol describes production of 275nt amplicons, followed by library preparation and sample pooling. Any Illumina instrument with a 300 cycle (or greater) kit can then be used for sequencing..

 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II DNA Library prep kit for Illumina (NEB #E7645)
 
 

 

image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol - tailed method
DNA Pipelines R&D et al.
Wellcome Sanger Institute
 

This adaptation of the COVID-19 ARTIC v3 protocol makes libraries directly from the 400bp tiled amplicons, using a second PCR step and without conventional library construction.

 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
 
 

 

image SARS-CoV-2 Enrichment Sequencing by Spiked Primer MSSPE method V.4
Manning, J.E. et al.
National Institute for Allergies and Infectious Diseases, Chan Zuckerberg Biohub, Institute Pasteur Cambodge
 

Incorporating a spiked primer enrichment step, this protocol generates libraries suitable for sequencing on the Illumna iSeq100..

 
  ・NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7770)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
 
 

 

image Shotgun transcriptome, spatial omics, and isothermal profiling of SARS-CoV-2 infection reveals unique host responses, viral diversification, and drug interactions
Manning, J.E. et al.
National Institute for Allergies and Infectious Diseases, Chan Zuckerberg Biohub, Institute Pasteur Cambodge
 

Incorporating a spiked primer enrichment step, this protocol generates libraries suitable for sequencing on the Illumna iSeq100..

 
  ・NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7770)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
 
 

 

image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol V.4
Butler, D.J. et al.
Weill Cornell Medicine, New York Genome Center, Baylor College of Medicine, University Hospital Tuebingen, Columbia University, University of California, San Francisco, DNAnexus, Inc., Root Deep Insight, NanoString Technologies, Biotia, Inc., SUNY Downstate Health Sciences University, Rutgers Cancer Institute, Robert Wood Johnson Medical School, National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health, Hangzhou Cancer Hospital, HudsonAlpha Discovery Institute
 

This publication includes a large-scale shotgun metatranscriptomic profiling platform for nasopharyngeal swabs, with Illumina sequencing, and use of Colorimetric LAMP to detect SARS-CoV-2 infection.。

 
  ・WarmStart® Colorimetric LAMP 2X Master Mix (DNA & RNA) (NEB #M1800)
  ・NEBNext rRNA depletion v2 (Human/Mouse/Rat) (NEB #E7400)
  ・NEBNext Ultra II Directional RNA (NEB #E7760)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440)
  ・NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module (NEB #E6111)
  ・Random Primer 6 (NEB #S1230)
  ・Protoscript II First Strand cDNA Synthesis Kit (NEB #E6560)
 
 
image Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 from Patient with 2019 Novel Coronavirus Disease, United States
Harcourt, J. et al.
Centers for Disease Control and Prevention, Eagle Medical Services, Oak Ridge Institute for Science and Education, Synergy America, Inc., University of Texas Medical Branch, World Reference Center for Emerging Viruses and Arboviruses
 
This publication includes RNA library preparation from passaged virus sequencing on the Illumina MiniSeq.
 
  ・NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7770)
 
 
image COVID-19 ARTIC v3 Illumina library construction and sequencing protocol - short amplicons (275bp)
Betteridge, E. et al.
Wellcome Sanger Institute and University of Birmingham
 
275 nt アンプリコンを対象としたライブラリー調製およびシーケンスプロトコール。Illumina 社シーケンサーで 300 cycle 以上のシーケンスキットに対応。
 
  ・LunaScript RT SuperMix Kit (NEB #E3010)
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
  ・NEBNext Ultra II DNA Library prep kit for Illumina (NEB #E7645)
 
 
image SARS-CoV-2 Enrichment Sequencing by Spiked Primer MSSPE method V.4
Manning, J.E. et al.
National Institute for Allergies and Infectious Diseases, Chan Zuckerberg Biohub, Institute Pasteur Cambodge
 

Spiked primer enrichment step をワークフローに組み込んだライブラリー調製およびシーケンス・ワークフロー。Illumina iSeq100 に対応。

 
  ・NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7770)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina
 
 
image Shotgun Transcriptome and Isothermal Profiling of SARS-CoV-2 Infection Reveals Unique Host Responses, Viral Diversification, and Drug Interactions
Butler, D.J. et al.
Weill Cornell Medicine, New York Genome Center, Baylor College of Medicine, HudsonAlpha Discovery Institute, University Hospital Tuebingen, Columbia University, New England Biolabs
 

鼻咽頭スワブからの SARS-CoV-2 のカラーメトリック LAMP による検出 (等温増幅法の一種) および大規模ショットガン・メタトランスクリプトーム・シーケンス。イルミナ社シーケンサーに対応。

 
  ・WarmStart® Colorimetric LAMP 2X Master Mix (DNA & RNA) (NEB #M1800)
  ・NEBNext rRNA depletion v2 (Human/Mouse/Rat) (NEB #E7400)
  ・NEBNext Ultra II Directional RNA (NEB #E7760)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440)
 
 
image Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 from Patient with 2019 Novel Coronavirus Disease, United States
Harcourt, J. et al.
Centers for Disease Control and Prevention, Eagle Medical Services, Oak Ridge Institute for Science and Education, Synergy America, Inc., University of Texas Medical Branch, World Reference Center for Emerging Viruses and Arboviruses
 

継代ウイルスからの RNA ライブラリー調製および Illumina MiniSeq シーケンス。

 
  ・NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina (NEB #E7770)
 
 
image Early Spread of SARS-Cov-2 in the Icelandic Population
Gudbjartsson, D.F. et al.
deCODE genetics, University of Iceland, Landspitali University Hospital, Directorate of Health, Reykjavik
 
ARTIC tiled primer 法を使用した Illumina MiSeq 用ライブラリー調製。
 
  ・NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina
  ・Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (NEB #M0494)
 
 
image Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in France
Gambaro, F. et al.
Institute Pasteur, Paris; National Influenza Centre, Viral Respiratory Laboratory, Algiers; Université de Paris, Paris
 
2020 年の 1 月から 3 月のフランスにおける大規模シーケンスの報告。<10,000 viral copies/ul of extracted RNA の低コピー解析を含む。
 
  ・NEBNext Ultra II DNA Library prep kit for Illumina (NEB #E7645)
  ・NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) (NEB #E6440)
 
 
image LAMP-Seq: Population-Scale COVID-19 Diagnostics Using Combinatorial Barcoding
Schmid-Burgk, J.L. et al.
Broad Institute of MIT and Harvard, Massachusetts Institute of Technology, University Hospital Bonn, University of Washington, Dana-Farber Cancer Institute, German Cancer Research Center (DKFZ), National Center for Tumor Diseases (NCT), Heidelberg, Howard Hughes Medical Institute
 

等温増幅法である LAMP とシーケンスを組み合わせた方法。Barcoded RT-LAMP 後にサンプルをプールして PCR でさらにバーコーディング、Illumina 社シーケンサーでディープシーケンス。

 
  ・WarmStart Colorimetric LAMP 2X Master Mix (DNA & RNA) (NEB #M1800)
  ・Bst 3.0 DNA Polymerase (NEB #M0374)
  ・NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix (NEB #M0541)

 

 

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NEB 製品が使用されている新型コロナウイルスの検出および新規検出方法の開発、ワクチンの開発などの研究に関連する文献は以下リンク先の後半にリストアップされています。キーワード絞込みによりお探しの文献が簡単に検索できます。
  NEB 製品が使用されている文献リスト

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