新型コロナウイルスの新しい変異株の出現と拡大に対応すべく、NEB はより確実かつ正確な検出と変異同定ができる全ゲノム解析用のプライマーを開発しています。今回、デルタ株やオミクロン株を含む新変異株に対応できる「VarSkip Short  v2 Primers」の開発に成功、これを既存の NEBNext ARTIC kits の構成品である「VarSkip Short  Primers」に置き換えることとしました。

【対象製品】

・NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) (製品番号：E7660S/L)

・NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) (製品番号：E7658S/L)

・NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module (製品番号：E7626S/L)

* NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina®) (製品番号：E7650S/L) は対象外

* 製品マニュアルが更新、各製品ページ内の「プロトコール」からダウンロード可能

【変更内容】

・VarSkip Short Primers から VarSkip Short v2 Primer に変更

・既存の ARTIC v3 Primers もそのまま構成品として提供、どちらかを選択してライブラリー調製が可能

・使用方法 (ライブラリー調製プロトコール)、希望小売価格、サイズに変更なし

2022年 3 月 2 日出荷分より、VarSkip Short v2 Primers に変更されたキットを出荷

 * 新仕様製品は、キットボックス内案内カードが貼付

VarSkip Short Primer (バージョン 1) との違い：

・複数のプライマーペアの内、10 ペアを変更

・新型コロナウイルスゲノムの増幅領域 (各種プライマー情報も記載)

・VarSkip Short v2 Primer の配列 (バージョン 1 の配列もここに記載)

Integrative Genome Viewer visualization of read coverage across the SARS-CoV-2 genome (log scale). Amplicons were generated using NEBNext® VarSkip Short SARS-CoV-2 v2 primer pools, NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 primer pools, NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 primer pools (ARTICv3), MilliporeSigma ARTICv4 primer pools plus IDT ARTICv4.1 spike-in primers (ARTICv4.1), or MilliporeSigma ARTICv4 primer pools. The same Omicron variant SARS-CoV-2 viral gRNA clinical sample served as a template for all primer schemes except ARTICv3. Libraries were constructed using the NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina®) and sequenced on a MiSeq® instrument (2x75 bp). Coverage depth per base was determined, reads were down-sampled to 0.5M PE reads with seqtk and aligned to SARS-CoV-2 reference genome (NCBI, NC_045512) with Bowtie2.

Integrative Genome Viewer visualization of read coverage across the SARS-CoV-2 genome (log scale). Amplicons were generated using NEBNext® VarSkip Short SARS-CoV-2 v2 primer pools, NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 primer pools, NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 primer pools (ARTICv3), MilliporeSigma ARTICv4 primer pools plus IDT ARTICv4.1 spike-in primers (ARTICv4.1), or MilliporeSigma ARTICv4 primer pools. The same Delta variant SARS-CoV-2 viral gRNA clinical sample served as a template for all primer schemes except ARTICv3. Libraries were constructed using the NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina®) and sequenced on a MiSeq® instrument (2x75 bp). Coverage depth per base was determined, reads were down-sampled to 0.5M PE reads with seqtk and aligned to SARS-CoV-2 reference genome (NCBI, NC_045512) with Bowtie2.

[1] NCBI virus link to data