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NEBNext ARTIC Kits のプライマー変更のお知らせ
2022 年 3 月 2 日
 

新型コロナウイルスの新しい変異株の出現と拡大に対応すべく、NEB はより確実かつ正確な検出と変異同定ができる全ゲノム解析用のプライマーを開発しています。今回、デルタ株やオミクロン株を含む新変異株に対応できる「VarSkip Short  v2 Primers」の開発に成功、これを既存の NEBNext ARTIC kits の構成品である「VarSkip Short  Primers」に置き換えることとしました。

 

【対象製品】

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) (製品番号:E7660S/L)

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) (製品番号:E7658S/L)

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module (製品番号:E7626S/L)

 

* NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina®) (製品番号:E7650S/L) は対象外

* 製品マニュアルが更新、各製品ページ内の「プロトコール」からダウンロード可能

 

【変更内容】

・VarSkip Short Primers から VarSkip Short v2 Primer に変更

既存の ARTIC v3 Primers もそのまま構成品として提供、どちらかを選択してライブラリー調製が可能

・使用方法 (ライブラリー調製プロトコール)、希望小売価格、サイズに変更なし

 
 
【変更日時】

20212年 3 月 2 日出荷分より、VarSkip Short v2 Primers に変更されたキットを出荷

 * 新仕様製品は、キットボックス内案内カードが貼付

 
 
【VarSkip Short v2 Primer について】

VarSkip Short Primer (バージョン 1) との違い:

・複数のプライマーペアの内、10 ペアを変更

新型コロナウイルスゲノムの増幅領域 (各種プライマー情報も記載)

VarSkip Short v2 Primer の配列 (バージョン 1 の配列もここに記載)

 
 
図 1、オミクロン株の全ゲノム解析のカバレッジが向上

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Integrative Genome Viewer visualization of read coverage across the SARS-CoV-2 genome (log scale). Amplicons were generated using NEBNext® VarSkip Short SARS-CoV-2 v2 primer pools, NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 primer pools, NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 primer pools (ARTICv3), MilliporeSigma ARTICv4 primer pools plus IDT ARTICv4.1 spike-in primers (ARTICv4.1), or MilliporeSigma ARTICv4 primer pools. The same Omicron variant SARS-CoV-2 viral gRNA clinical sample served as a template for all primer schemes except ARTICv3. Libraries were constructed using the NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina®) and sequenced on a MiSeq® instrument (2x75 bp). Coverage depth per base was determined, reads were down-sampled to 0.5M PE reads with seqtk and aligned to SARS-CoV-2 reference genome (NCBI, NC_045512) with Bowtie2.


 
 
図 2、オミクロン株の全ゲノム解析のカバレッジが向上

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Integrative Genome Viewer visualization of read coverage across the SARS-CoV-2 genome (log scale). Amplicons were generated using NEBNext® VarSkip Short SARS-CoV-2 v2 primer pools, NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 primer pools, NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 primer pools (ARTICv3), MilliporeSigma ARTICv4 primer pools plus IDT ARTICv4.1 spike-in primers (ARTICv4.1), or MilliporeSigma ARTICv4 primer pools. The same Delta variant SARS-CoV-2 viral gRNA clinical sample served as a template for all primer schemes except ARTICv3. Libraries were constructed using the NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina®) and sequenced on a MiSeq® instrument (2x75 bp). Coverage depth per base was determined, reads were down-sampled to 0.5M PE reads with seqtk and aligned to SARS-CoV-2 reference genome (NCBI, NC_045512) with Bowtie2.

 

[1] NCBI virus link to data

 
 
【FAQ(よくあるお問合せ)】
Q1.  VarSkip Short v2 Primer とは何ですか?
 

新型コロナウイルスのさらなる変異株のゲノム解析のために、既存の VarSkip Short Primer をベースとして新しく開発された cDNA 増幅用のプライマーです。ウイルス RNA ゲノムを逆転写した後、PCR で増幅、約 550 bp の cDNA を取得してライブラリー調製を行います。

なお、一番初めに開発された NEBNext ARTIC v3 プライマーは hCoV-2019/nCoV-2019 Version 3 と同じ配列でプライマーバランスを最適化したものであり、約 400 bp の cDNA を増幅します。

   
Q2.  今までのプライマーを使ってきましたが、新しいキットからは使えなくなるのですか?
 

VarSkip Short Primer (バージョン 1) は新バージョンである VarSkip Short v2 Primer に置き換えられましたので、キット内には含まれていません。もしバージョン 1 が必要な場合、弊社テクニカルサポートまでご依頼ください。


なお、NEBNext ARTIC v3 プライマーは今までどおりキット内に含まれていますので、ご利用いただけます。

   
Q3.  既存の NEBNext ARTIC v3 と VarSkip Short v2 Primer を同時に使うことはできますか?
  できません。必ずどちらか一方をご使用ください。
   
Q4.  NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (NEB#E7650S/L) には VarSkip Short Primer は付属しないのですか?
 

はい、付属していません。VarSkip Primer は約 550 bp の cDNA を合成・増幅します。これをシーケンスするためには MiSeq の 2 x 300 サイクルシーケンスが必要であり、キット推奨の 2 x 250 bp では中央にリードギャップを生じるため、あえて VarSkip Primer を付属していません。もしご興味があれば、テクニカルサポートまでご連絡ください。 

   
Q5.  VarSkip Short v2 Primer の配列情報は公開されていますか?
 

はい、以下に公開をしています。

・VarSkip Short:https://github.com/nebiolabs/VarSkip

・NEBNext ARTIC v3:https://github.com/joshquick/artic-ncov2019/blob/master/primer_schemes/nCoV-2019/V3/nCoV-2019.tsv

   
Q6.  VarSkip Short プライマーを使用して取得したシーケンスデータはどのように解析すればよいのでしょうか?
 

以下にシーケンス解析パイプラインを公開していますので、これをご参照ください。

https://github.com/nebiolabs/VarSkip

 

 
本件に関するご質問は下記テクニカルサポートまでお問合せください。
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