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NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit

NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kitカタログ番号:E2612

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E2612S 6 reactions ¥39,800 4C / -20C
E2612L 24 reactions ¥135,200 4C / -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬

特徴

ホストDNAよりマイクロバイオームDNAを単離・濃縮可能なキット

 

Microbiome DNA Enrichment Kit はホスト DNA (真核生物由来) とマイクロバイオーム DNA (原核生物由来)の混合物から Methyl-CpG binding Domain (MBD) を利用してマイクロバイオーム DNA を単離・濃縮するキットである。
ホスト DNA の多くは CpG メチル化されているため、MBD2-Fc ビーズにより捕捉される。一方 CpG メチル化されていないマイクロバイオーム DNAはビーズに捕捉されないので、ホスト DNA と分離される。さらに、CpGメチル化ホスト DNA はビーズから回収することが可能であるため、マイクロバイオーム DNA とは別に解析することが可能である。

 

Microbiome DNA Enrichment Kit の濃縮原理

特長:

 

ホストDNAからマイクロバイオームDNAを単離・濃縮
ホストDNAも回収可能
わずか50分程度の簡単なプロトコール
   

 

Reference:

Feehery, G.R. et al. (2013)

PLoS One 8 (10): e76096

pdfダウンロード

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Microbiome DNA Enrichment Kit による濃縮効果の検証

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ヒト唾液DNA(非濃縮DNAサンプル)およびMicrobiome DNA Enrichment Kit によりマイクロバイオームを濃縮したDNAサンプルをNGSで解析した。得られたリードをヒト・リファレンスDNA(hg19)とHOMDにマッピングし、DNA比率を解析した。非濃縮DNAのマイクロバイオームDNAはわずか5%であったのに対し、濃縮DNAでは約95%ものリードがマイクロバイオームDNAであった。これらの結果は、Microbiome DNA Enrichment Kit がマイクロバイオームDNAを約20倍に濃縮したことを示している。

Microbiome DNA 濃縮ワークフロー

Microbiome DNA 濃縮プロトコール

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Step 1
MBD2-FcとProtein Aビーズを混合し室温で10分間インキュベート、その後バッファーで2回洗浄
 
Step 2
DNAサンプルを添加しビーズと混合、室温で15分間インキュベート
 
Step 3

マグネティックラックにより、ビーズに結合したメチル化ホストDNAを捕捉、上清のマイクロバイオームDNAを回収

 

メチル化ホストDNAはProteinase K処理でビーズより回収可能

(NGS解析を行う場合にはDNAを精製することを推奨)

 

 

アプリケーションノート

・NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit を用いたマイクロバイオームDNAの次世代シーケンシング解析 (pdf ダウンロード)

Feehery, G.R. et al. (2013), A Method for Selectively Enriching Microbial DNA from Contaminating Vertebrate Host DNA. PLoS One 8 (10): e76096 (pdfダウンロード)

製品内容

Box 1 (-20℃で保存):

・ TNEBNext MBD2-Fc Protein

・ NEBNext Bind/Wash Buffer

・ 16S rRNA Universal Gene Bacteria Control Primers (16S rRNAのV8とV9可変領域増幅用プライマー)

・ RPL30 Human DNA Control Primers (ヒト・ハウスキーピング遺伝子 Ribosomal Protein 30用プライマー)

 

Box 2 (4℃で保存

・ NEBNext Protein A Magnetic Beads

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