特徴

rRNA除去効率が向上した、バージョンアップ製品のv2が販売開始となりました（2020年6月）。

NGS解析用RNAサンプル調製の前処理に最適！

NEBNext rRNA Depletion Kit はトータルRNAからリボゾームRNA（rRNA）を高効率で除去するキットである。本キットはヒト、マウス、ラットのトータルRNAから95～99%の高効率で細胞質 rRNA（5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA）およびミトコンドリア rRNA（12S rRNA、16S rRNA）を除去することができ、次世代シーケンシング解析用RNAサンプル調製（RNA-seq、Small RNA-seq）の前処理に最適である。5 ng～1 ugのトータルRNAに使用可能なので、サンプルのRNA量を気にすることなくrRNA除去を行うことができる。

さらに、本キットは分解が進行したRNAサンプルのrRNAも高効率で除去することができるので、FFPE由来などRNAが劣化したサンプルからのrRNA除去に最適である。

（サンプル中のRNA劣化が進行している場合はmRNA除去キットではなく、本キットの使用を推奨する。）

NEBNext rRNA Depletion Kit はDNAプローブのハイブリダイゼーションとRNase H処理によるrRNA除去方法を採用しており、わずか2時間（作業時間は8分）で終了する（図２、３）。

本製品を使用したNGS解析例（FFPEサンプルの解析、競合他社製品との比較データなど）はこちらのページ(英語)でご確認ください。

図１：FFPE RNAサンプルよりリボソームRNAを高効率で除去

ヒトリファレンスRNA（UHR, Agilent）および乳癌FFPE（1年/10年保存）由来RNAをmRNA精製キットあるいはリボゾームRNA除去キットで前処理を行いIllumina社NGSにより解析した。未処理のRNAシーケンスデータにおいては91%のリードがリボゾームRNAであったのに対し、リボゾームRNA除去キットで前処理を行ったシーケンスデータにおいてはリボゾームRNAのリードはわずか1%であった。また、劣化が進行したFFPE由来RNA（10年保存）においても、リファレンスRNAと同等の高効率でリボゾームRNAが除去されることが示された。

さらに、mRNA精製キットで前処理を行ったデータと比較すると、Non-coding RNAのリードが多く含まれており、PolyA mRNA以外の解析効率が向上することが示された。

図２：リボゾームRNA除去方法

rRNAとDNAプローブをハイブリダイゼーションさせた後に、RNase H処理することによりrRNAを分解する。反応液中に残存したDNAプローブはDNase I処理により分解する。

図３：わずか2時間（作業時間は8分）で終了のプロトコール

1チューブ反応（ハイブリダイゼーション、RNase H処理、DNase I処理）と精製のみの簡単な実験手順。

*精製作業にはAgencourt® RNAClean® XP （Beckman Coulter, Inc., Cat. #A63987）の使用を推奨する。（キットには付属していないので、別途購入が必要）。あるいはRNA精製ビーズ付キットを使用する。