1. ホーム
  2. 製品一覧
  3. NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)カタログ番号:E6310

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E6310S 6 reactions ¥42,800 -20C
E6310L 24 reactions ¥155,800 -20C
E6310X 96 reactions ¥560,800 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬

特徴

トータルRNAよりリボソームRNA除去するキット  RNA精製ビーズ付キットも販売中

 

rRNA除去効率が向上した、バージョンアップ製品のv2が販売開始となりました(2020年6月)。

 

NGS解析用RNAサンプル調製の前処理に最適!

 

NEBNext rRNA Depletion Kit はトータルRNAからリボゾームRNA(rRNA)を高効率で除去するキットである。本キットはヒト、マウス、ラットのトータルRNAから95~99%の高効率で細胞質 rRNA(5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA)およびミトコンドリア rRNA(12S rRNA、16S rRNA)を除去することができ、次世代シーケンシング解析用RNAサンプル調製(RNA-seq、Small RNA-seq)の前処理に最適である。5 ng~1 ugのトータルRNAに使用可能なので、サンプルのRNA量を気にすることなくrRNA除去を行うことができる。

 

さらに、本キットは分解が進行したRNAサンプルのrRNAも高効率で除去することができるので、FFPE由来などRNAが劣化したサンプルからのrRNA除去に最適である。

(サンプル中のRNA劣化が進行している場合はmRNA除去キットではなく、本キットの使用を推奨する。)

 

NEBNext rRNA Depletion Kit はDNAプローブのハイブリダイゼーションとRNase H処理によるrRNA除去方法を採用しており、わずか2時間(作業時間は8分)で終了する(図2、3)。

 

特長  
・NGS解析用RNAサンプル調製の前処理に最適  
・細胞質rRNAおよびミトコンドリアrRNAを除去  
・ヒト、マウス、ラットのトータルRNAより95~99%のrRNAを除去  
・5 ng ~ 1 µg の広範囲のトータルRNA量に対応  
・FFPE由来など劣化が進行したRNAサンプルのrRNAも高効率で除去  
・DNAプローブのハイブリダイゼーションとRNase H処理によりrRNAを除去  

 

本製品を使用したNGS解析例(FFPEサンプルの解析、競合他社製品との比較データなど)はこちらのページ(英語)でご確認ください。

 

図1:FFPE RNAサンプルよりリボソームRNAを高効率で除去

image

ヒトリファレンスRNA(UHR, Agilent)および乳癌FFPE(1年/10年保存)由来RNAをmRNA精製キットあるいはリボゾームRNA除去キットで前処理を行いIllumina社NGSにより解析した。未処理のRNAシーケンスデータにおいては91%のリードがリボゾームRNAであったのに対し、リボゾームRNA除去キットで前処理を行ったシーケンスデータにおいてはリボゾームRNAのリードはわずか1%であった。また、劣化が進行したFFPE由来RNA(10年保存)においても、リファレンスRNAと同等の高効率でリボゾームRNAが除去されることが示された。

さらに、mRNA精製キットで前処理を行ったデータと比較すると、Non-coding RNAのリードが多く含まれており、PolyA mRNA以外の解析効率が向上することが示された。

 

図2:リボゾームRNA除去方法

 image

rRNAとDNAプローブをハイブリダイゼーションさせた後に、RNase H処理することによりrRNAを分解する。反応液中に残存したDNAプローブはDNase I処理により分解する。

 

図3:わずか2時間(作業時間は8分)で終了のプロトコール

 image

1チューブ反応(ハイブリダイゼーション、RNase H処理、DNase I処理)と精製のみの簡単な実験手順。

 

*精製作業にはAgencourt® RNAClean® XP (Beckman Coulter, Inc., Cat. #A63987)の使用を推奨する。(キットには付属していないので、別途購入が必要)。あるいはRNA精製ビーズ付キットを使用する。

別途必要な試薬等

・精製用ビーズ:Agencourt® RNAClean® XP (Beckman Coulter, Inc., Cat. #A63987)の使用を推奨

(またはRNA精製ビーズ付 rRNA 除去キット

・マグネティックラック

・エタノール など