NEBNext FFPE DNA Repair Mix
NEBNext FFPE DNA Repair Mixカタログ番号:M6630
カタログ番号 |
サイズ |
濃度 |
価格(税別) |
保存温度 |
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M6630S | 24 reactions | ¥29,000 | -20C | |
M6630L | 96 reactions | ¥100,800 | -20C |
製品カテゴリ>グループ
- NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬
備考
- 備考:価格改定 (2023年4月1日)
特徴
FFPE由来DNAのダメージを修復する酵素ミックス | 製品資料はこちら() |
DNAダメージ修復効率が向上した、が販売開始となりました(2022年5月)。
15 分のインキュベーションで DNA のダメージを修復
NEBNext FFPE DNA Repair Mix は DNA 修復に必要な酵素から構成された酵素ミックスであり、DNA と混合して15 分インキュベートするだけで、ニック、ギャップ、シトシンの脱アミノ化(ウラシル化)、酸化、3' 末端ブロックなどのダメージを修復することができます。FFPE DNA Repair Mix は NGS 解析に最適であるが、その他のアプリケーションにも使用することができます。
特長: | |||
・ | DNAのダメージを修復する酵素ミックス | FFPE DNA Repiar MixによりNGSライブラリーの収量を向上 | |
・ | 15分のインキュベーションでDNAを修復 | ||
・ | ミスなしに損傷箇所を修復 | ||
・ | FFPE DNAのNGS解析に最適* | ||
・ | NGS以外のアプリケーションにも使用可能 | ||
NEBNext FFPE DNA Repair Mix で修復した FFPE DNA(胃がん由来)より作製したライブラリーの収量を Agilent Bioanalyzer® で検証した。未修復のFFPE DNA と比較した結果、修復によりライブラリーの収量が大幅に向上したことが示された。 |
FFPE DNA Repair Mixにより修復可能なダメージ
ダメージの種類 | FFPE DNA Repair Mixによる修復の可否 |
Deamination of cytosine to uracil | Yes |
Nicks and gaps | Yes |
Oxidized bases | Yes |
Blocked 3' ends | Yes |
DNA fragmentation | No |
DNA-protein crosslinks | No |
修復処理によりNGSライブラリーの収量が最大5.5倍に向上
組織の種類 |
FFPEサンプルの 保存年数 |
修復処理の有無 | ライブラリー収量(nM) |
ライブラリー収量の比較 修復処理/未処理 |
Lung, normal (25 ng) | 2 yrs | - | 6.55 | 449% |
+ | 29.4 | |||
Lung, normal (50 ng) | 2 yrs | - | 18.7 | 287% |
+ | 53.7 | |||
Liver, normal (25 ng) | 11 yrs | - | 8.3 | 287% |
+ | 23.8 | |||
Liver, normal (50 ng) | 11 yrs | - | 8.56 | 316% |
+ | 27.1 | |||
Liver, normal (50 ng) | 1 yr | - | 45.5 | 217% |
+ | 98.9 | |||
Spleen, normal (50 ng) | 1 yr | - | 5.95 | 558% |
+ | 33.2 | |||
Stomach, tumor (50 ng) | 4 yrs | - | 17.9 | 204% |
+ | 36.5 | |||
Pancreas, tumor (50 ng) | 6 yrs | - | 4.75 | 201% |
+ | 9.57 |
様々な組織由来の FFPE DNA サンプルを FFPE DNA Repair Mix で修復しライブラリーを作製した。ライブラリーの収量を未修復の DNA サンプルより作製したライブラリーと比較した結果、修復によりライブラリーの収量が 2 倍〜5.5 倍に向上したことが示された。ライブラリーの収量は Agilent Bioanalyzer® で検証した。
プロトコール
製品内容
・NEBNext FFPE DNA Repair Mix
・NEBNext FFPE DNA Repair Buffer
関連製品
・NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (イルミナ用DNAライブラリー調製キット)