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NEBNext FFPE DNA Repair Mix

NEBNext FFPE DNA Repair Mixカタログ番号:M6630

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

M6630S 24 reactions ¥23,800 -20C
M6630L 96 reactions ¥83,400 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬

特徴

FFPE由来DNAのダメージを修復する酵素ミックス 製品資料はこちら

 

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15 分のインキュベーションで DNA のダメージを修復


NEBNext FFPE DNA Repair Mix は DNA 修復に必要な酵素から構成された酵素ミックスであり、DNA と混合して15 分インキュベートするだけで、ニック、ギャップ、シトシンの脱アミノ化(ウラシル化)、酸化、3' 末端ブロックなどのダメージを修復することができます。FFPE DNA Repair Mix は NGS 解析に最適であるが、その他のアプリケーションにも使用することができます。

 

特長:
DNAのダメージを修復する酵素ミックス   FFPE DNA Repiar MixによりNGSライブラリーの収量を向上
15分のインキュベーションでDNAを修復   image
ミスなしに損傷箇所を修復  
FFPE DNAのNGS解析に最適*  
NGS以外のアプリケーションにも使用可能  
 
 
      NEBNext FFPE DNA Repair Mix で修復した FFPE DNA(胃がん由来)より作製したライブラリーの収量を Agilent Bioanalyzer® で検証した。未修復のFFPE DNA と比較した結果、修復によりライブラリーの収量が大幅に向上したことが示された。

 

FFPE DNA Repair Mixにより修復可能なダメージ

  ダメージの種類 FFPE DNA Repair Mixによる修復の可否
  Deamination of cytosine to uracil Yes
  Nicks and gaps Yes
  Oxidized bases Yes
  Blocked 3' ends Yes
  DNA fragmentation No
  DNA-protein crosslinks No

 

修復処理によりNGSライブラリーの収量が最大5.5倍に向上

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  組織の種類

FFPEサンプルの

保存年数

修復処理の有無 ライブラリー収量(nM)

ライブラリー収量の比較

修復処理/未処理

  Lung, normal (25 ng) 2 yrs - 6.55 449%
+ 29.4
  Lung, normal (50 ng) 2 yrs - 18.7 287%
+ 53.7
  Liver, normal (25 ng) 11 yrs - 8.3 287%
+ 23.8
  Liver, normal (50 ng) 11 yrs - 8.56 316%
+ 27.1
  Liver, normal (50 ng) 1 yr - 45.5 217%
+ 98.9
  Spleen, normal (50 ng) 1 yr - 5.95 558%
+ 33.2
  Stomach, tumor (50 ng) 4 yrs - 17.9 204%
+ 36.5
  Pancreas, tumor (50 ng) 6 yrs - 4.75 201%
+ 9.57

様々な組織由来の FFPE DNA サンプルを FFPE DNA Repair Mix で修復しライブラリーを作製した。ライブラリーの収量を未修復の DNA サンプルより作製したライブラリーと比較した結果、修復によりライブラリーの収量が 2 倍〜5.5 倍に向上したことが示された。ライブラリーの収量は Agilent Bioanalyzer® で検証した。

製品内容

・NEBNext FFPE DNA Repair Mix

NEBNext FFPE DNA Repair Buffer

関連製品

NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (イルミナ用DNAライブラリー調製キット)