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NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina

NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illuminaカタログ番号:E7770

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E7770S 24 reactions ¥147,700 ¥110,770 -20C
E7770L 96 reactions ¥472,500 ¥354,370 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>Illumina用(DNA, ChIP, mRNA, Small RNA)

特徴

NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit はイルミナ用 RNA ライブラリー調製試薬である (非ディレクショナルタイプ)。

通常、ポリA-mRNA 精製キットまたは rRNA 除去キットの前処理キット (別売) と併用してライブラリー調製を行う。この場合、5 ng - 1 µg Total RNA から、約 5.5 時間でライブラリー調製ができる。


ディレクショナルな (Stranded) RNA ライブラリー調製を行う場合には、NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep kit (NEB #E7760) を使用する。

 
特長:
 ・ 非ディレクショナル (non-stranded) 用 RNA ライブラリー調製キット

 ・ 微量かつ広域の Total RNA からライブラリー調製

      - rRNA 除去キットを併用した場合 : 5 ng - 1 µg Total RNA

      - mRNA 精製キットを併用した場合 : 10 ng - 1 µg Total RNA

      - 前処理をしない場合 (RNA ウイルスゲノムシーケンスなど) : 5 ng - 1 µg Total RNA (サンプルによって異なる)

 ・ 高効率な cDNA 合成とアダプターライゲーション、最小限の PCR サイクル数により、低バイアスでライブラリー調製

 ・ トランスクリプトームを正しく反映した RNA ライブラリーが調製できるため、遺伝子発現解析に最適

 ・ 短時間かつ最小限のハンズオンで調製、自動化にも対応
 ・ 各ステップの試薬はモジュールとして購入可能
 ・ 6,000 報以上の論文実績 (NEBNext 全体)、サンガー研究所など世界各地の大型センターで導入
 ・ cDNA 精製ビーズ付きキットも別途販売中(NEB #E7775
 

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インプットサンプル :
トータル RNA、精製済み mRNA、rRNA 除去済み RNA
 
前処理の選択 :
生物種、解析対象、分解度などから選択。以下ガイドを参照する。

 

 生物種 *  解析対象 RNA  RNA の分解度  推奨の前処理キット
 ヒト・マウス・ラット  mRNA

 分解なし (RIN > 7)

 mRNA 精製キット

 (#E7490)

 mRNA **

 分解あり (RIN < 7)

 rRNA 除去キット

 (#E7400 または #E6310)

 mRNA (グロビン mRNA 以外)

 分解度は問わない

 rRNA & グロビン mRNA 除去キット

 (#E7750)

 mRNA + ncRNA

 (small RNA 以外 ***)

 分解度は問わない

 rRNA 除去キット

 (#E7400 または #E6310)

 真核生物  mRNA (ポリA型)

 分解なし (RIN > 7)

 mRNA 精製キット

 (#E7490)

 バクテリア

 mRNA (非ポリA型)

 分解度は問わない

 rRNA 除去キット

 (#E7850)

 RNA ウイルス  ゲノムRNA  分解度は問わない

 必要なし ****

 

   * 表中に記載されていない生物種や解析対象に対応する前処理キットは、取り扱いなし (例:昆虫の rRNA 除去キット)

   ** mRNA の他、ncRNA も検出される

   *** Small RNA ライブラリー調製には #E7300 を推奨

   **** ホスト RNA が混入している場合は rRNA 除去キットなどの前処理が効果的

 
 
イルミナ社対応シーケンサー:

 ・非整列化フローセルタイプ : MiSeq、MiniSeq、NextSeq 550、HiSeq 2500

 ・整列化フローセルタイプ : iSeq 100、NextSeq 2000、HiSeq 3000/4000、HiSeq X、NovaSeq 6000

 

 

 Figure 1.  Ultra II RNA ライブラリー調製のワークフロー:

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Figure 2.  広域インプット量から高収量でライブラリーを調製

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ヒト・リファレンス RNA (Agilent #740000) から polyA-mRNA を精製、各社キットおよび推奨プロトコールを用いてライブラリー調製をおこなったところ (n=3)、どのインプット量においても NEBNext のほうが高い収量であることが示された。キットは図内上部、PCR サイクル数は下部に示している。

 ライブラリー収量の追加データ

 

 

Figure 3.  低い Duplication rate でライブラリー調製

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ヒト・リファレンス RNA (Agilent #740000) から各社キットおよび推奨プロトコールを用いて rRNA を除去、ライブラリー調製をして、NextSeq® 500 でシーケンスした (2 x 76 bp)。リードを hg19 リファレンスゲノムにマッピング、RSeQC の Read Duplication Tool を使用して同じゲノム領域にマッピングされたリード割合を Duplication rate とした。それぞれの調製で使用したキットは以下の通り:


(緑色) NEBNext : NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/ Mouse/Rat) + NEBNext Ultra II RNA Kit

(茶色) Illumina : Illumina Ribo-Zero™ Gold rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat) + Illumina TruSeq RNA Library Prep Kit v2

ライブラリークオリティーの追加データ

 

 

Figure 4.  転写産物全長を均一にカバー

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ヒト・リファレンス RNA (Agilent #740000) から各社キットおよび推奨プロトコールを用いて polyA-mRNA を精製、ライブラリー調製をして、NextSeq® 500 でシーケンスした (2 x 76 bp)。得られたリードから RefSeq transcripts の 5' から 3' 末端のカバレッジを調べた結果、どのインプット量からも均一性が確認された。特に NEBNext では 10 ng の微量インプットの時にも 3' 末端側の均一性が低下することは無かった。ライブラリー調製に使用したキットは以下のとおり:


(緑色)NEBNext : NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module + NEBNext Ultra II RNA Kit

(茶色)TruSeq: TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2

転写産物カバレッジの追加データ

 

 

Figure 5.  微量インプットから調製したライブラリーもトランスクリプトームの複雑性を維持、正確な発現解析が可能

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ヒト・リファレンス RNA (Agilent #740000) に ERCC RNA Spike-In Mix I (Thermo Fisher Scientific #4456740) を添加したものをインプットとして、異なる量から NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) で rRNA 除去、NEBNext Ultra II RNA Kit でライブラリー調製を行った。NextSeq® 500 でシーケンス (2 x 76 bp)、Salmon 0.4.0 でリードマッピングと ERCC 転写物の定量を行った結果、インプット量に寄らず転写産物の複雑性が維持されていることが示された。これはバイアスなく、インプット中の転写産物を正確に反映した状態でライブラリー調製が行われていることを意味しており、微量インプットでも正確な遺伝子発現解析ができることを示している。


A. ヒト・リファレンス RNA のインプット量間の TPM (Transcripts Per Kilobase Million) 相関解析

B. ERCC 転写産物のインプット量間の TPM (Transcripts Per Kilobase Million) 相関解析

ライブラリー複雑性の追加データ

日本語マニュアル

日本語マニュアル

* 本マニュアルはオリジナル英語マニュアル version 3.1 に基づいて作成されています。

   製品のご使用にあたり、必ず最新の英語マニュアルをご確認ください。

別途必要な試薬等

前処理キット
  - NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module
    マグネティックビーズにより mRNA(ポリA+RNA)を精製 
     
  - NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) New!
    ヒト、マウス、ラットのトータル RNA から細胞質 rRNA およびミトコンドリア rRNA を除去
    FFPE由来RNA など劣化が進行した RNA からも高効率で除去
    オリジナルバージョン も販売継続 (#E6310)
     
  - NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)
    ヒト、マウス、ラットのトータル RNA からグロビン mRNA と rRNA を除去
    FFPE由来RNA など劣化が進行した RNA からも高効率で除去
     
  - NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria)
    バクテリアの 5S、16S、23S rRNA を高効率で除去
    グラム陰性菌および陽性菌に対応
   
アダプターオリゴ
   

DNA精製ビーズ (SPRIselect® beads、AMPure® XP Beads (Beckman Coulter, Inc.) を推奨) 

またはDNA精製ビーズ付属キットを使用

   
マグネットラック(#S1515S
   

ライブラリー定量キット(qPCR)

キット内容

・NEBNext First Strand Synthesis Enzyme Mix *1

・NEBNext First Strand Synthesis Reaction Buffer *1

・Random Primers *1

・NEBNext Second Strand Synthesis Enzyme Mix *2

・NEBNext Second Strand Synthesis Reaction Buffer *2

・NEBNext Ultra II End Prep Enzyme Mix *3

・NEBNext Ultra II End Prep Reaction Buffer *3

・NEBNext Ultra II Ligation Master Mix *4

・NEBNext Ligation Enhancer *4

・NEBNext Adaptor Dilution Buffer *4

・NEBNext Ultra II Q5 Master Mix *5

・Nuclease-free Water

・0.1X TE Buffer

 

* アダプターオリゴは別売

*1 NEBNext Ultra II RNA First Strand Synthesis Module として別途購入可能

*2 NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module として別途購入可能

*3 NEBNext Ultra II DNA Module (#E7546)  として別途購入可能

*4 NEBNext Ultra II Ligation Module (#E7595) として別途購入可能

*5 NEBNext Ultra II Q5 Master Mix (#M0544) として別途購入可能