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NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina

NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illuminaカタログ番号:E7805

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E7805S 24 reactions ¥118,000 -20C
E7805L 96 reactions ¥398,000 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>Illumina用(DNA, ChIP, mRNA, Small RNA)

特徴

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ビーズ付キットも販売中

 

NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit は 100 pg の DNA よりライブラリー調製ができるイルミナNGSライブラリー調製試薬です。酵素による DNA 断片化とEnd repair/dA-tailing 反応、アダプターライゲーションまでを 1 チューブで行うので、実験手順が簡単な上、Input DNA のロスがなく、100 pg の DNA より高収量でライブラリー調製をすることができます。DNA 断片化酵素はGC 含量などに依存せずに DNA を断片化する上、DNA サイズはインキュベーション時間で簡単に調整することができます。

         
特長:
わずか 100 pg DNA より、簡単プロトコールでライブラリー調製
 ・ 100 pg DNA よりライブラリー調製    ・ GC 含量、サンプルの塩濃度に依存せず、低バイアスで
  (100 pg ~ 500 ng Input DNA に対応)     DNA を断片化
         
 ・ 酵素による DNA 断片化からライブラリー調製終了まで    ・ 酵素で DNA を断片化するので、高価な機器や専用
  <3.2時間のプロトコール     チューブは不要
         
 ・ 面倒なビーズ精製は 2 回のみ、ハンズオンタイムは    ・ 物理的断片化と比較して酸化ダメージや塩基置換の
  <14分間の簡単プロトコール     リスクが低減

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高感度かつ高収量

各社のライブラリー調製試薬および断片化方法を比較した結果、NEBNext Ultra II DNA FS キットの感度と収量が最も高く、100 pg の微量 DNA からでも高収量でライブラリーを調製できることが示された。ライブラリーはヒト NA19240 ゲノム DNA より調製、Input DNA 量と PCR サイクル数は図に記載、実験作業は2 名の研究者(n=3-6)により個別に行われた。

 

 

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均一なカバレージを実現

各社のライブラリー調製試薬および断片化方法を比較した結果、NEBNext Ultra II FS キットが最も低バイアスの GC カバレージをもたらすことが示された。ライブラリーは 1 ng のゲノム DNA3 種類の微生物)より調製、イルミナ社の NGS 機器で解析した。リードはBowtie 2.2.4 によりマッピング、GC カバレージは Picards CollectGCBiasMetrics v1.117)により算出した。NEBNext Ultra II FS キットのカバレージは 3 種類の微生物ゲノム DNAGC 含量 385165%)において、1.0 付近にプロット(緑線)されており、GC バイアスが低いことが表されている。

 

 

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最小限のダメージで DNA を断片化

物理的に断片化(超音波破砕)した DNA NEBNext Ultra II FS キット(酵素的断片化)で調製したライブラリーを比較した結果、Ultra II FSキットで調製したライブラリーでは、酸化ダメージ・マーカーの塩基置換の頻度が低いことが示された。一方、物理的に断片化したDNA より調製したライブラリーでは C>A および G>Tの塩基置換が高い頻度で検出され、断片化中に DNA が酸化によりダメージを受けている可能性が示唆された。ライブラリーは 1ng および 100 ng のヒト NA19240 ゲノムDNA より調製し、イルミナ社の NGS 機器で解析した。723M のリードよりランダムに抽出されたリードを GRCh38リファレンス DNA にアライメントして解析した。

 

 

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NEBNext Ultra II FS DNA キットはインキュベーション時間を調整することにより、様々なサイズの DNA 断片を調製することができる。上図は 100 ng のヒト NA19240 ゲノム DNA を 5-40分間の反応時間で断片化し、100 bp - 1 kb の DNA を調製した例である。

  NEBNext Ultra II FS DNA キットは DNA の保存液の組成 (塩濃度など) による影響が少なく、安定したサイズの DNA を調製することができる。A 社製品による酵素的断片化は DNA の保存液の組成の影響が大きく、DNA サイズが安定しない。CS は A 社製品に付属している調整溶液を指定量添加して調製した DNA サンプルである。

別途必要な試薬等

アダプターオリゴ

・DNA 精製ビーズ [SPRIselect beads、AMPure XP Beads (Beckman Coulter, Inc.) を推奨]など

キット内容

・NEBNext Ultra II FS Enzyme Mix

・NEBNext Ultra II FS Reaction Buffer

・NEBNext Ultra II Ligation Master Mix

・NEBNext Ligation Enhancer

・NEBNext Ultra II Q5 Master Mix

・TE Buffer (1X)