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NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel

NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panelカタログ番号:E6627

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E6627S 8 reactions ¥102,400 -20C / 4C
E6627L 24 reactions ¥288,000 -20C / 4C
E6627X 96 reactions ¥1,100,000 -20C / 4C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>ターゲットエンリッチメント

備考

  • 備考:販売終了 (2020年12月)、代替品:ご相談ください

特徴

NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 遺伝子パネル
BRCA1/BRCA2 遺伝子の全エクソン領域をカバー

 

NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel は、BRCA1/BRCA2 遺伝子の全エクソン領域を対象とした遺伝子パネルです。高いcoverage uniformity により、生殖細胞と体細胞の低頻度変異の検出を可能とします。
 
 特長:

  • 独自のプローブにより BRCA1/BRCA2 遺伝子の全エクソン領域 (100%) を濃縮

  • 10 ng – 1 μg のDNA よりライブラリー調製
  • 生殖細胞と体細胞の低頻度変異の検出が可能
  • 分解が進んだFFPE DNA やctDNA サンプルにも対応
  • エンリッチメント試薬、ライブラリー調製試薬、インデックスプライマーが付属
  • ニッキング酵素によりDNA 断片化、高価な断片化機器は不要
  • 3′ オフターゲット領域の除去により、高いオンターゲット率を実現
  • UMI 付加により PCR duplicate を除去、高解像度の解析が可能
  • On-Beads ワークフローのため、オートメーションに最適

 

  図1、様々なインプット量から高効率で BRCA1/BRCA2 遺伝子を濃縮可能  
 

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インプット量の異なるヒトゲノムDNA(10 ng、100 ng、1 μg)から濃縮とライブラリー調製を行い、シーケンスリードを全ゲノムにアライメントもしくは BRCA1/BRCA2 遺伝子にマッピングしたところ、高効率で BRCA1/BRCA2 遺伝子が濃縮されていることが示された。イルミナ MiSeq にて 2 × 75 bp のシーケンスを行った。PCR duplicate は UMI でフィルターをした。アライメントは BWA-MEM で行った。

 

 

  図2、NEBNext Direct ターゲット・エンリッチメント& ライブラリー調製のワークフロー  
 

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  図3、BRCA1/BRCA2 遺伝子の全エクソン領域を高い均一性でカバー  
 

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  This histogram shows the normalized mean coverage across each of the 49 exon targets of the BRCA1 and BRCA2 genes. 50 ng of DNA was enriched using the 17 kb NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel. Sequencing reads were generated on an Illumina MiSeq with 2x75 bp reads, an 8 bp sample ID and 12 bp unique molecular identifier. Sequencing read alignments were performed with BWA-MEM, and PCR duplicates were filtered using the UMIs.  

 

  図4、生殖細胞と体細胞のディープシーケンスが可能  
 

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  This figure demonstrates de-duplicated coverage of BRCA1 and BRCA2 genes as a function of sequencing depth across a range of input DNA amounts. Purified genomic DNA was enriched using the NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel. Sequencing reads were generated on an Illumina MiSeq with 2x75 bp reads, the 8 bp sample ID and 12 bp unique molecular identifier. Sequencing read alignments were performed with BWA-MEM, and PCR duplicates were filtered using the UMIs.  

 

 

  図5、すべてのエキソン領域で低頻度解析が可能なディープシーケンスが可能  
 

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  Integrative Genome Viewer (IGV) plot showing the read coverage across exon 1 of the BRCA1 gene. 50 ng of DNA was enriched using the 17 kb NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel. Sequencing reads were generated on an Illumina MiSeq with 2x75 bp reads, an 8 bp sample ID, and 12 bp unique molecular identifier. Sequencing read alignments were performed with BWA-MEM, and PCR duplicates were filtered using the UMIs.  

別途必要な試薬等

・1x TE buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA)

・エタノール など

キット内容

・NEBNext Direct Cancer HotSpot Baits(-20℃ 保存)

・Box 1(酵素およびインデックスプライマーなど、-20℃ 保存)

・Box 2(ビーズなど、4℃ 保存)

動画

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Challenges and Opportunities for Next Generation Sequencing Target Enrichment   NEBNext Direct Target Enrichment   NEBNext Direct Workflow