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NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel

NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel カタログ番号:E7000

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E7000S 8 reactions ¥224,000 -20C / 4C
E7000L 24 reactions ¥656,000 -20C / 4C
E7000X 96 reactions ¥1,450,000 -20C / 4C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>ターゲットエンリッチメント

備考

  • 備考:販売終了 (2020年12月)、代替品:ご相談ください

特徴

NEBNext Direct がん遺伝子パネル
がんに関連する 50 遺伝子上の 190 個のホットスポット領域をカバー

 

NEBNext Direct はゲノム中のターゲット領域を濃縮してライブラリー調製を行い、ディープシーケンスを行うための遺伝子パネルです。New England Biolabs とDirected Genomics 社が共同して開発した、ターゲット領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いた濃縮方法により、低頻度変異の検出が可能となりました。本手法はマルチプレックスPCR を用いた濃縮方法よりも広いターゲット領域の濃縮と、高いカバレッジを示すライブラリー調製が可能であり、ターゲット濃縮からライブラリー調製まで1日以内で完了します。
 
 特長:

  • 独自のプローブにより50遺伝子、190領域を高効率かつ均一でカバー(図1)

  • 10 ng – 1 μg のDNA よりライブラリー調製
  • 分解が進んだFFPE DNA やctDNA サンプルにも対応(図3)
  • エンリッチメント試薬、ライブラリー調製試薬、インデックスプライマーが付属
  • ニッキング酵素によりDNA 断片化、高価な断片化機器は不要
  • 3′オフターゲット領域の除去により、高いオンターゲット率を実現
  • UMI 付加によりPCR duplicate を除去、高解像度の解析が可能
  • On-Beads ワークフローのため、オートメーションに最適

 

  図1、ターゲット遺伝子  
 

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  図2、NEBNext Direct ターゲット・エンリッチメント& ライブラリー調製のワークフロー  
 

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  図3、セルフリーDNAやFFPE DNAにも対応  
 

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  100 ng の各 DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングしたところ、すべてのサンプルにおいて高いマッピング率が示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。  

 

 

  図4、GC 含量によらず各領域を均一にカバー  
 

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  100 ng の DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングして GC 含量毎の平均カバレッジを Y 軸に示したところ、GC 含量によらずに均一であることが示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。  

 

 

  図5、低頻度変異を検出  
 

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  This figure shows the expected versus observed variant allele frequencies (VAF) across the range of well-characterized variants present in a pool of 24 HapMap samples screened against the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel. 100 ng of input DNA was used, samples were sequenced on the Illumina® MiSeq® using 2 x 75 bp sequencing, and standard data analysis and variant calling algorithms were used. We were able to successfully detect 100% of the 168 truth variants present across a range of 2-100% VAF. The high degree of linearity across this broad dynamic range demonstrates the ability of the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel to accurately predict variant allele frequencies across a broad dynamic range.  

 

 

  図6、均一なカバレッジ  
 

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-Graph shows the percentage of target bases sequenced to at least 50%, 33%, and 25% of the mean read depth

-100 ng of DNA was used for each library preparation

-Reads were generated on an Illumina MiSeq with 2 x 75 bp reads, 8 bp sample ID, and 12 bp unique molecule ID

-Alignments were performed with BWA-MEM and PCR duplicates were filtered using the unique molecule IDs

 

 

別途必要な試薬等

・1x TE buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA)

・エタノール など

キット内容

・NEBNext Direct Cancer HotSpot Baits(-20℃ 保存)

・Box 1(酵素およびインデックスプライマーなど、-20℃ 保存)

・Box 2(ビーズなど、4℃ 保存)

動画

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Challenges and Opportunities for Next Generation Sequencing Target Enrichment   NEBNext Direct Target Enrichment   NEBNext Direct Workflow