NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel (E7000)

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NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel

NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel

NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel カタログ番号:E7000

カタログ番号	サイズ	価格	保存温度
E7000S	8 reactions	¥224,000	-20C / 4C
E7000L	24 reactions	¥656,000	-20C / 4C
E7000X	96 reactions	¥1,450,000	-20C / 4C

製品カテゴリ>グループ

NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>ターゲットエンリッチメント

備考

備考：販売終了 (2020年12月)、代替品：ご相談ください

特徴

NEBNext Direct がん遺伝子パネル

がんに関連する 50 遺伝子上の 190 個のホットスポット領域をカバー

NEBNext Direct はゲノム中のターゲット領域を濃縮してライブラリー調製を行い、ディープシーケンスを行うための遺伝子パネルです。New England Biolabs とDirected Genomics 社が共同して開発した、ターゲット領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いた濃縮方法により、低頻度変異の検出が可能となりました。本手法はマルチプレックスPCR を用いた濃縮方法よりも広いターゲット領域の濃縮と、高いカバレッジを示すライブラリー調製が可能であり、ターゲット濃縮からライブラリー調製まで１日以内で完了します。

特長：

• 独自のプローブにより50遺伝子、190領域を高効率かつ均一でカバー（図1）

• 10 ng – 1 μg のDNA よりライブラリー調製

• 分解が進んだFFPE DNA やctDNA サンプルにも対応（図3）

• エンリッチメント試薬、ライブラリー調製試薬、インデックスプライマーが付属

• ニッキング酵素によりDNA 断片化、高価な断片化機器は不要

• 3′オフターゲット領域の除去により、高いオンターゲット率を実現

• UMI 付加によりPCR duplicate を除去、高解像度の解析が可能

• On-Beads ワークフローのため、オートメーションに最適

	図1、ターゲット遺伝子

	図2、NEBNext Direct ターゲット・エンリッチメント＆ライブラリー調製のワークフロー

	図3、セルフリーDNAやFFPE DNAにも対応

	100 ng の各 DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングしたところ、すべてのサンプルにおいて高いマッピング率が示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。

	図4、GC 含量によらず各領域を均一にカバー

	100 ng の DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングして GC 含量毎の平均カバレッジを Y 軸に示したところ、GC 含量によらずに均一であることが示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。

	図5、低頻度変異を検出

	This figure shows the expected versus observed variant allele frequencies (VAF) across the range of well-characterized variants present in a pool of 24 HapMap samples screened against the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel. 100 ng of input DNA was used, samples were sequenced on the Illumina® MiSeq® using 2 x 75 bp sequencing, and standard data analysis and variant calling algorithms were used. We were able to successfully detect 100% of the 168 truth variants present across a range of 2-100% VAF. The high degree of linearity across this broad dynamic range demonstrates the ability of the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel to accurately predict variant allele frequencies across a broad dynamic range.