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NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel
NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel カタログ番号:E7000
カタログ番号 |
サイズ |
濃度 |
価格 |
保存温度 |
E7000S |
8 reactions |
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¥224,000 |
-20C / 4C |
E7000L |
24 reactions |
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¥656,000 |
-20C / 4C |
E7000X |
96 reactions |
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¥1,450,000 |
-20C / 4C |
製品カテゴリ>グループ
- NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>ターゲットエンリッチメント
備考
- 備考:販売終了 (2020年12月)、代替品:ご相談ください
特徴
NEBNext Direct がん遺伝子パネル |
がんに関連する 50 遺伝子上の 190 個のホットスポット領域をカバー |
NEBNext Direct はゲノム中のターゲット領域を濃縮してライブラリー調製を行い、ディープシーケンスを行うための遺伝子パネルです。New England Biolabs とDirected Genomics 社が共同して開発した、ターゲット領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いた濃縮方法により、低頻度変異の検出が可能となりました。本手法はマルチプレックスPCR を用いた濃縮方法よりも広いターゲット領域の濃縮と、高いカバレッジを示すライブラリー調製が可能であり、ターゲット濃縮からライブラリー調製まで1日以内で完了します。 |
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特長: |
• 独自のプローブにより50遺伝子、190領域を高効率かつ均一でカバー(図1)
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• 10 ng – 1 μg のDNA よりライブラリー調製 |
• 分解が進んだFFPE DNA やctDNA サンプルにも対応(図3) |
• エンリッチメント試薬、ライブラリー調製試薬、インデックスプライマーが付属 |
• ニッキング酵素によりDNA 断片化、高価な断片化機器は不要 |
• 3′オフターゲット領域の除去により、高いオンターゲット率を実現 |
• UMI 付加によりPCR duplicate を除去、高解像度の解析が可能 |
• On-Beads ワークフローのため、オートメーションに最適 |
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図1、ターゲット遺伝子 |
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図2、NEBNext Direct ターゲット・エンリッチメント& ライブラリー調製のワークフロー |
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図3、セルフリーDNAやFFPE DNAにも対応 |
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100 ng の各 DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングしたところ、すべてのサンプルにおいて高いマッピング率が示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。 |
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図4、GC 含量によらず各領域を均一にカバー |
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100 ng の DNA サンプルから調製したライブラリーをシーケンス、リードをターゲット領域にマッピングして GC 含量毎の平均カバレッジを Y 軸に示したところ、GC 含量によらずに均一であることが示された。Illumina MiSeq で 2 x 75 bp のペアエンド解析を行った。 |
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図5、低頻度変異を検出 |
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This figure shows the expected versus observed variant allele frequencies (VAF) across the range of well-characterized variants present in a pool of 24 HapMap samples screened against the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel. 100 ng of input DNA was used, samples were sequenced on the Illumina® MiSeq® using 2 x 75 bp sequencing, and standard data analysis and variant calling algorithms were used. We were able to successfully detect 100% of the 168 truth variants present across a range of 2-100% VAF. The high degree of linearity across this broad dynamic range demonstrates the ability of the NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel to accurately predict variant allele frequencies across a broad dynamic range. |
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図6、均一なカバレッジ |
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-Graph shows the percentage of target bases sequenced to at least 50%, 33%, and 25% of the mean read depth
-100 ng of DNA was used for each library preparation
-Reads were generated on an Illumina MiSeq with 2 x 75 bp reads, 8 bp sample ID, and 12 bp unique molecule ID
-Alignments were performed with BWA-MEM and PCR duplicates were filtered using the unique molecule IDs
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別途必要な試薬等
・1x TE buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA)
・エタノール など
キット内容
・NEBNext Direct Cancer HotSpot Baits(-20℃ 保存)
・Box 1(酵素およびインデックスプライマーなど、-20℃ 保存)
・Box 2(ビーズなど、4℃ 保存)
動画
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Challenges and Opportunities for Next Generation Sequencing Target Enrichment |
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NEBNext Direct Target Enrichment |
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NEBNext Direct Workflow |