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NEBNext Direct Custom Ready Panels

NEBNext Direct Custom Ready Panelsカタログ番号:E6631

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E6631S 8 reactions お問い合わせください -20C / 4C /25C
E6631L 24 reactions お問い合わせください -20C / 4C /25C
E6631X 96 reactions お問い合わせください -20C / 4C /25C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>ターゲットエンリッチメント

特徴

NEBNext Direct カスタムパネル
  信頼性の高いパネルを提供:
  NEBで実際にライブラリー調製とシーケンスによりパネルを性能評価、成績書を添えてお届けします。
ご注文方法

 

NEBNext Direct はゲノム中のターゲット領域を濃縮してライブラリー調製を行い、ディープシーケンスを行うための遺伝子パネルです。New England Biolabs とDirected Genomics 社が共同して開発した、ターゲット領域に特異的にハイブリダイズするプローブを用いた濃縮方法により、低頻度変異の検出が可能となりました。本手法はマルチプレックスPCR を用いた濃縮方法よりも広いターゲット領域の濃縮と、高いカバレッジを示すライブラリー調製が可能であり、ターゲット濃縮からライブラリー調製まで1日以内で完了します。
 
 特長:

  • 約 850 遺伝子より必要な遺伝子を選択してカスタムパネルをデザイン

  • 10 ng – 1 μg の DNA よりライブラリー調製
  • 分解が進んだ FFPE DNA や cfDNA サンプルにも対応
  • エンリッチメント試薬、ライブラリー調製試薬、インデックスプライマーが付属
  • ニッキング酵素によりDNA 断片化、高価な断片化機器は不要
  • 3′オフターゲット領域の除去により、高いオンターゲット率を実現
  • UMI 付加により PCR duplicate を除去、高解像度の解析が可能
  • On-Beads ワークフローのため、オートメーションに最適

 

  図1、NEBNext Direct ターゲット・エンリッチメント& ライブラリー調製のワークフロー  
 

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  図2、様々なサイズのパネルで優れた性能を発揮  
 

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  様々なサイズのパネル(1、10、25、50、100 遺伝子)のデータを比較した結果、パネルのサイズに関わらず優れた性能を発揮することが示された。100 ng の DNA を使用してライブラリー調製を行い、イルミナ・ペアエンドシーケンス(150 bp × 2)で解析した。  

 

 

  図3、様々なサイズのパネルでも高いオンターゲット率を示す  
 

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  IGV image of coverage profile for 4 BRAF exons included in panels of 1, 10, 25, 50 and 100 genes, demonstrate consistent target behavior with the addition of gene targets. 100 ng of DNA was used as input for NEBNext enrichment using the 5 panels, including the BRAF gene. Libraries were sequenced on an Illumina 2 x 150 basepair sequencing.  

 

 

  図4、様々な DNA インプットとパネルサイズでも好感度で変異検出  
 

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  様々なDNA インプット量とパネルサイズのデータを比較した結果、すべてにおいて高感度で変異検出ができることが示された。24 種類のHapMap サンプルを2%のvariant allele frequency(VAF)になるように混合、各量のDNA インプットを使用してターゲット・エンリッチメントとライブラリー調製を行った。イルミナ・ペアエンドシーケンス(150 bp × 2)の後、Muttect and Vardict variant calling algorithms で変異解析した。  

 

 

  図5、ニッキング酵素により、安定して DNA を断片化  
 

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10 ng, 100 ng, and 1 µg of Control DNA was used as input for fragmentation using the NEBNext Direct Nicking Enzyme. Representative electropherograms show fragment sizes compatible with NEBNext Direct enrichment across DNA input amounts.

 

 

 

  図6、ニッキング酵素による断片化と物理的断片化の比較  
 

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100 ng of Control DNA was used as input to fragmentation using the NEBNext Direct Nicking Enzyme and Covaris® Shearing. Fragmented DNA was enriched using the 37 kb NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel, and sequenced to a mean depth of 3 million reads using Illumina 2 x 75 bp sequencing.

 

 

お申込みの方法

弊社ウェブサイトのお申込みページより必要な遺伝子をご選択、弊社からの見積書およびBed File をご確認いただいた後に、ご注文いただく流れとなります。

 
お申込みページ (遺伝子リストも記載されています)
 

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別途必要な試薬等

・1x TE buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM EDTA)

・エタノール など

キット内容

・NEBNext Direct Custom Ready Baits(-20℃ 保存)

・Box 1(酵素およびインデックスプライマーなど、-20℃ 保存)

・Box 2(ビーズなど、4℃ 保存)

動画

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Challenges and Opportunities for Next Generation Sequencing Target Enrichment   NEBNext Direct Target Enrichment   NEBNext Direct Workflow