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NEBNext Enzymatic Methyl-seq Conversion Module

NEBNext Enzymatic Methyl-seq Conversion Moduleカタログ番号:E7125

カタログ番号

サイズ

濃度

価格(税別)

保存温度

E7125S 24 rxns ¥31,000 -20C
E7125L 96 rxns ¥114,000 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>Module

備考

  • 備考:価格改定 (2023年4月1日)

特徴

説明:

バイサルファイトシーケンスはメチル化 DNA 解析における一般的方法であるが、バイサルファイト変換の際に DNA 損傷が起こりやすく、断片化や DNA のロス、バイアスを生じることが問題となっている。

NEB はこの問題を解決するため、酵素を使用したマイルドな条件下で非メチル化シトシンをウラシルに変換する EM-Seq 法を開発(図1)、DNA ダメージを低減して断片化やDNAのロスを低減することが可能とした。本製品は特に変換用試薬が含まれている。

 

特長

• 酵素で非メチル化シトシンをウラシルに変換

• 酵素でマイルドに変換、DNA ダメージを低減

• バイサルファイト法と同じ変換パターンであるため、そのまま下流実験に移行、または解析プログラムが使用可能

• 5-mC と 5-hmC を検出

• 全ゲノムメチル化シーケンス用のライブラリー調製キット(フルキット)も販売(#E7120)

 

     
  図1、酵素で非メチル化シトシンをウラシルに変換、変換パターンは BS と同じ  
 

image

 
 

WGBS と EM-seq は、どちらも非メチル化シトシンをウラシルに変換する。その PCR 産物は、ウラシルがチミンに置き換わるため、シーケンスでは非メチル化シトシンがチミン、メチル化シトシンはシトシンとして検出される。このことを利用してゲノムのメチル化シトシンを検出できる。

 

WGBS では 60-95 ℃ で化学的に、EM-seq では 37 ℃ で酵素を使用して変換を行う。EM-seq 法は 2 種類の酵素で非メチル化シトシンを脱アミノ化してウラシルに変換する。

1)TET2 がメチル化シトシン(mC と hmC)を特異的に酸化してカルボキシシトシン(5caC)に変換する

2)APOBEC が非メチル化シトシンをウラシルに変換する。この時、5caC と 5ghmC は変換されず、非メチル化シトシンだけがウラシルに変換される。

 
     

別途必要な試薬等

・DNA 断片化用機器(Covaris® S2 など) *NEBNext dsDNA Fragmentase は使用できません。

・Formamide (Sigma #F9037-100 ml) または 0.1 N NaOH

・80% エタノール など

キット内容

【変換試薬*】
・TET2
・TET2 Reaction Buffer Supplement
・Oxidation Enhancer
・Oxidation Supplement
・Fe (II) Solution
・Stop Reagent
・APOBEC
・APOBEC Reaction Buffer
・BSA
 
【コントロール DNA】
・Control DNA CpG methylated pUC19
・Control DNA CpG unmethylated Lambda

技術資料

NEBNext 全製品紹介ページ

NEBNext FAQs

トラブルシューティング

NEBNext DNA ライブラリー調製 冊子

テクニカルノート(英語)

Feature Article:Enzymatic Methyl-seq: The Next Generation of Methylome Analysis(英語)

 

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 NEBNext EM-Seq の原理

 

EM-Seq と PBAT 法:新規メチローム解析法とその応用

2020 年 分子生物学会のオンラインセミナーです。メチローム解析分野の第一人者である九州大学 三浦先生の発表も含まれています。