Agilent Technologies® 4200 TapeStation® Genomic DNA ScreenTape により、各サンプルから Monarch Genomic DNA Purifcation Kit と Q 社キットを使って精製した gDNA を測定した。溶出は 100 μl で行い、1/100 希釈した精製 DNA を測定に用いた。Monarch で精製した DNA のピークサイズは 50–70 kb で、DIN = 9 前後であったが、Q 社キットでの精製 DNA はおよそ < 30 kb、DIN = 7–8 であった。また、Q 社キットでは凍結血液サンプル、肝臓、脳、筋肉において収量と A260/230 が低かった。

他のサンプルおよび収量などの詳細

A. HeLa 細胞およびヒト血液からモナークで精製した DNA を用いてサイズの異なる各領域を PCR で増幅した。市販のヒト細胞株 NA19240 F11 由来のリファレンス DNA と比較したところ、特に 20 kb の領域の増幅に違いが見られたことから、モナークはゲノム DNA をインタクトな状態で精製できること、またロング PCR に適してることを示された。PCR は 25 ng の DNA を用いて、LongAmp Hot Start Taq 2X Master Mix（NEB #M0533）により、ヒト DNA の各領域（6、8、10、12、16、20 kb）に特異的なプライマーペアを用いて実施した（Applied Biosystems® 2720 thermalcycler1）。PCR 産物と分子量マーカー：1 kb DNA Ladder（NEB #N3232）を 1.5% アガローズゲルに供した。

B. ヒト全血、HeLa 細胞、マウステールからモナークで精製した DNA を用いて qPCR を行った。すべてのサンプルと希釈系列において良好な増幅曲線が得られたことから、阻害剤が含まれない高純度なゲノム DNA が精製されていることが示された。Luna Universal qPCR Master Mix（NEB #M3003）を使用し、gHEME（ヒト全血）および gREL（HeLa 細胞、マウステール）のそれぞれに対するプライマーで qPCR を行った（Bio-Rad® CFX Touch qPCR thermalcycler）。精製 DNA は 5 つのログレンジになるように希釈して使用した。

A. モナーク（オレンジ）および他社同等品により HeLa 細胞 100 ng からゲノム DNA を精製、、NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit（NEB #E7805）でライブラリー調製を行った（n=2）。リードは Bowtie 2.2.4 を使用してマッピング、GC coverage は Picard’s CollectGCBiasMetrics（v1.117）を使用して算出した。Normalized coverage（1.0）をグレーの水平線、各 GC % での 100 bp 領域数をグレーの垂直バーで示した。また、色付けした線は各ライブラリーの normalized coverage を表している。

B. 各社キットで精製したゲノム DNA からのライブラリー収量を確認した結果、モナークで精製した DNA で高収量のライブラリーが調製できることが示された。ライブラリー収量収率は High Sensitivity DNA Kit を使用してAgilent 2100A Bioanalyzer（Agilent Technologies®）で評価した。

モナークおよび他社同等品により HeLa 細胞からゲノム DNA を精製した。精製 DNA の 1 µg を使用して、DNA を断片化せずに ONT 1D Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK109）のプロトコールに従って、オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ（ONT）用シーケンスライブラリーを調製した。GridION（Flow cell R9.4.1）で48 時間データ測定した。一般的なシーケンシング指標である A）シーケンスデータ総量、および B）リード長において、モナークで精製したゲノム DNA は、他社同等品で精製した DNA よりも高い数値を示した。NanoComp（Bioinformatics, Volume 34, Issue 15, 1 August 2018, Pages 2666–2669）を使用して解析した。