特徴

NGS 解析用 RNA ライブラリー調製の前処理に最適

NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit はトータル RNA からグロビン mRNA とリボゾーム RNA（rRNA）を高効率で除去するキットである。　除去対象への特異的な DNA プローブのハイブリダイゼーションと RNase H 処理により 対象 RNA を除去する。 本キットはヒト、マウス、ラットの血液由来のトータルRNAから高効率でグロビン mRNA と細胞質 rRNA、ミトコンドリア rRNA を除去することができ、次世代シーケンシング解析用 RNA ライブラリー調製の前処理に最適である。10 ng～1 ug のトータル RNA に使用可能である。

除去対象：

・グロビン mRNA（HBA1/2, HBB, HBD, HBM, HBG1/2, HBE1, HBQ1, HBZ）

・細胞質 rRNA（5S、5.8S、18S）

・ミトコンドリア rRNA（12S、16S rRNA）

さらに、本キットは分解が進行した RNA サンプルの rRNA も高効率で除去することができるので、FFPE 由来など RNA が劣化したサンプルからのグロビン mRNA と rRNA 除去に最適である。

（サンプル中の RNA 劣化が進行している場合はmRNA除去キットではなく、本キットの使用を推奨する。）

図１：全血のトータル RNA からリボソーム RNA とグロビン mRNA を効率的に除去

ヒト、マウス、ラットの血液から抽出したトータルRNA（1 μg）をインプットとして、RNA 除去なし、rRNA 除去、rRNA およびグロビン RNA 除去して調製したライブラリーについて、各 RNA の残存率を調べた。ライブラリー調製は NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit を使用。ペアエンドシーケンス（2 x 75 bp）で得られたリードから rRNA およびグロビン mRNA を特定（mirabait、6 or more, 25-mers）、トータルリード中の各 RNA に対応するリード割合を計算した。

図２：わずか 10 ng のトータル RNA でも効率的に rRNA とグロビン mRNA を除去

異なる量（1 μg, 100 ng, 10 ng）のトータル RNA から NEBNext または I 社キットで rRNA とグロビン mRNA の除去を行ったところ、NEBNext では3 種すべての生物種において、わずか 10 ng のトータル RNA でも効率的に除去できることが示さ

れた。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit または I 社製品でライブラリー調製、ペアエンド（2 x 75 bp）にてシーケンスを行った。リードから rRNA およびグロビン mRNA を特定（mirabait、6 or more, 25-mers）、トータルリード中の各 RNA に対応するリード割合を計算した（n = 3）。

図３：rRNA とグロビン mRNA だけを特異的に除去、他の RNA は除去・分解しない

ヒト全血のトータル RNA（1 μg）を用いて、RNA 未除去の転写産物と、各社キットで rRNA とグロビン mRNA を除去した転写産物の相関を調べたところ、NEB キットで高い相関（R² = 0.98）が見られたことから、より特異的に rRNA とグロビン mRNA を除去できることが示唆された。このことは、除去対象以外のRNA は除去・分解されておらず、発現量解析に影響を与えないことを示唆している。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit または I 社製品でライブラリー調製、ペアエンド（2 x 75 bp）にてシーケンスを行った。リードから GENCODE v27 転写産物量を推定（Salmon）、タンパク質をコードする転写産物について、TPM（Transcript Per Million mapped reads）を計算、プロットした。

図４：インプット RNA 量によらず、rRNA とグロビン mRNA だけを特異的に除去、他の RNA は除去・分解しない

各量のヒト全血のトータル RNA（1 μg、100 ng、10 ng）を用いて、RNA 未除去の転写産物と、各社キットで rRNA とグロビン mRNA を除去した転写産物の相関を調べたところ、いずれのインプット量でも NEB キットで高い相関（R² > 0.97）が見られたことから、インプット量によらず、特異的に rRNA とグロビン mRNA だけを除去できることが示唆された。このことは、除去対象以外の RNA は除去・分解されておらず、発現量解析に影響を与えないことを示唆している。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit またはI 社製品でライブラリー調製、ペアエンド（2 x 75 bp）にてシーケンスを行った。リードからGENCODE v27 転写産物量を推定（Salmon）、タンパク質をコードする転写産物について、TPM（Transcript Per Million mapped reads）を計算、プロットした。