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NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)カタログ番号:E7750

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E7750S 6 rxns ¥50,000 -20C
E7750L 24 rxns ¥180,000 -20C
E7750X 96 rxns ¥650,000 -20C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬

特徴

トータルRNAよりグロビン mRNA とリボソーム RNA を除去

NGS 解析用 RNA ライブラリー調製の前処理に最適

 

NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit はトータル RNA からグロビン mRNA とリボゾーム RNA(rRNA)を高効率で除去するキットである。 除去対象への特異的な DNA プローブのハイブリダイゼーションと RNase H 処理により 対象 RNA を除去する。 本キットはヒト、マウス、ラットの血液由来のトータルRNAから高効率でグロビン mRNA と細胞質 rRNA、ミトコンドリア rRNA を除去することができ、次世代シーケンシング解析用 RNA ライブラリー調製の前処理に最適である。10 ng~1 ug のトータル RNA に使用可能である。

 

除去対象:

・グロビン mRNA(HBA1/2, HBB, HBD, HBM, HBG1/2, HBE1, HBQ1, HBZ)

・細胞質 rRNA(5S、5.8S、18S)

・ミトコンドリア rRNA(12S、16S rRNA)

 

さらに、本キットは分解が進行した RNA サンプルの rRNA も高効率で除去することができるので、FFPE 由来など RNA が劣化したサンプルからのグロビン mRNA と rRNA 除去に最適である。

(サンプル中の RNA 劣化が進行している場合はmRNA除去キットではなく、本キットの使用を推奨する。)

 

 

特長  
・NGS解析用 RNA ライブラリー調製の前処理に最適  
・グロビン mRNA、細胞質 rRNA およびミトコンドリア rRNA を除去  
・ヒト、マウス、ラット対応  
・10 ng ~ 1 µg の広範囲のトータル RNA 量に対応  
・FFPE 由来など劣化が進行した RNA サンプルからもで除去  
RNA 精製ビーズ付キットも別途販売 (NEB #E7755)  

 

 

図1:全血のトータル RNA からリボソーム RNA とグロビン mRNA を効率的に除去

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ヒト、マウス、ラットの血液から抽出したトータルRNA(1 μg)をインプットとして、RNA 除去なし、rRNA 除去、rRNA およびグロビン RNA 除去して調製したライブラリーについて、各 RNA の残存率を調べた。ライブラリー調製は NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit を使用。ペアエンドシーケンス(2 x 75 bp)で得られたリードから rRNA およびグロビン mRNA を特定(mirabait、6 or more, 25-mers)、トータルリード中の各 RNA に対応するリード割合を計算した。

 

 

図2:わずか 10 ng のトータル RNA でも効率的に rRNA とグロビン mRNA を除去

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異なる量(1 μg, 100 ng, 10 ng)のトータル RNA から NEBNext または I 社キットで rRNA とグロビン mRNA の除去を行ったところ、NEBNext では3 種すべての生物種において、わずか 10 ng のトータル RNA でも効率的に除去できることが示さ

れた。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit または I 社製品でライブラリー調製、ペアエンド(2 x 75 bp)にてシーケンスを行った。リードから rRNA およびグロビン mRNA を特定(mirabait、6 or more, 25-mers)、トータルリード中の各 RNA に対応するリード割合を計算した(n = 3)。

 

 

図3:rRNA とグロビン mRNA だけを特異的に除去、他の RNA は除去・分解しない

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ヒト全血のトータル RNA(1 μg)を用いて、RNA 未除去の転写産物と、各社キットで rRNA とグロビン mRNA を除去した転写産物の相関を調べたところ、NEB キットで高い相関(R2 = 0.98)が見られたことから、より特異的に rRNA とグロビン mRNA を除去できることが示唆された。このことは、除去対象以外のRNA は除去・分解されておらず、発現量解析に影響を与えないことを示唆している。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit または I 社製品でライブラリー調製、ペアエンド(2 x 75 bp)にてシーケンスを行った。リードから GENCODE v27 転写産物量を推定(Salmon)、タンパク質をコードする転写産物について、TPM(Transcript Per Million mapped reads)を計算、プロットした。

 

 

図4:インプット RNA 量によらず、rRNA とグロビン mRNA だけを特異的に除去、他の RNA は除去・分解しない

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各量のヒト全血のトータル RNA(1 μg、100 ng、10 ng)を用いて、RNA 未除去の転写産物と、各社キットで rRNA とグロビン mRNA を除去した転写産物の相関を調べたところ、いずれのインプット量でも NEB キットで高い相関(R2 > 0.97)が見られたことから、インプット量によらず、特異的に rRNA とグロビン mRNA だけを除去できることが示唆された。このことは、除去対象以外の RNA は除去・分解されておらず、発現量解析に影響を与えないことを示唆している。NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit またはI 社製品でライブラリー調製、ペアエンド(2 x 75 bp)にてシーケンスを行った。リードからGENCODE v27 転写産物量を推定(Salmon)、タンパク質をコードする転写産物について、TPM(Transcript Per Million mapped reads)を計算、プロットした。

別途必要な試薬等

【Grobin & rRNA 除去】

・精製用ビーズ:Agencourt® RNAClean® XP (Beckman Coulter, Inc., Cat. #A63987)の使用を推奨

 (または RNA 精製ビーズ付 Grobin & rRNA 除去キット

マグネティックラック

・エタノール など


【RNA ライブラリー調製) 

ライブラリー調製キット

アダプターオリゴ