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NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria)
NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria)カタログ番号:E7850
カタログ番号 |
サイズ |
濃度 |
価格(税別) |
保存温度 |
E7850S |
6 rxns |
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¥47,600 |
-20C |
E7850L |
24 rxns |
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¥173,000 |
-20C |
E7850X |
96 rxns |
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¥622,000 |
-20C |
製品カテゴリ>グループ
- NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬
特徴
バクテリア用リボソームRNA除去キット |
特長: |
・バクテリアの 5S、16S、23S rRNA を高効率で除去 |
・グラム陰性菌および陽性菌に対応 |
・モノおよびメタトランスクリプトーム解析に最適 |
・10 ng - 1 µg のトータル RNA から rRNA を除去 |
・RNA 精製ビーズ付属キットも販売中(#E7860) |
図1:NEBNext rRNA Depletion Kit のワークフロー |
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図2:20 種類のバクテリアプールでも高効率で rRNA を除去 |
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20 種類のバクテリアプールの凍結乾燥サンプル(ATCC #MSA-2002)からトータルRNA を抽出し、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)を用いてrRNA を除去を行った。rRNA 除去前と除去後でNEBNext Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を用いてライブラリー調製を行い、ペアエンドでシーケンスした(2 x 75 bp)。
NCBI genome database でcomposite reference genome にアライメントとduplicate の除去後、ht-seq count により転写レベルを測定した。
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図3:グラム陰性菌およびグラム陽性菌に対応
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図4:10 ng - 1 µg のトータル RNA から rRNA を除去 |
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大腸菌トータルRNA(1 μg, 100 ng, 10 ng)から、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)によりrRNA を除去を行った結果、すべてのインプット量で高効率でrRNA が除去されていることが示された。ライブラリー調製はNEBNext UltraII Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を使用、ペアエンド(2 x 75 bp)でシーケンス。リードをE. coli MG1655 reference genome にアライメントして、総リード数におけるrRNA リードの割合を求めた。 |
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図5:rRNA だけを特異的に除去、発現解析への影響なし(大腸菌) |
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図6:rRNA だけを特異的に除去、発現解析への影響なし(20 種類のバクテリア) |
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20 種類のバクテリアプールの凍結乾燥サンプル(ATCC #MSA-2002)からトータルRNA を抽出し、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)を用いてrRNA を除去を行った。rRNA 除去前と除去後でNEBNext Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を用いてライブラリー調製を行い、ペアエンドでシーケンスした(2 x 75 bp)。
ライブラリーごとに400 万のリードペアをサンプリングし、composite genome にマッピング後、除去前と除去後の転写レベルの相関性を確認した。各インプット量で、ほとんどの種において、アノテーションされたRNA は効果的に除去されており、また、rRNA 除去前と除去後で相関がみられる。
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キット内容
・NEBNext DNase I
・NEBNext Thermostable RNase H
・NEBNext Bacterial rRNA Depletion Solution
・RNase H Reaction Buffer
・DNase I Reaction Buffer
・Nuclease-free Water
・NEBNext Probe Hybridization Buffer