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NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Purification Beads

NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Purification Beadsカタログ番号:E7860

カタログ番号

サイズ

濃度

価格

保存温度

E7860S 6 rxns ¥42,000 ¥35,700 -20C/4C
E7860L 24 rxns ¥155,000 ¥131,750 -20C/4C
E7860X 96 rxns ¥560,000 ¥476,000 -20C/4C

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>前処理試薬

備考

  • 備考:2022年サマーキャンペーン(2022年7月12日~8月19日)

特徴

バクテリア用リボソームRNA除去キット  
特長:
 ・バクテリアの 5S、16S、23S rRNA を高効率で除去
 ・グラム陰性菌および陽性菌に対応
 ・モノおよびメタトランスクリプトーム解析に最適
 ・10 ng - 1 µg のトータル RNA から rRNA を除去 
 ・RNA 精製ビーズ付属 

ライブラリー調製キットはこちら

 

 図1:NEBNext rRNA Depletion Kit のワークフロー
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 図2:20 種類のバクテリアプールでも高効率で rRNA を除去
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20 種類のバクテリアプールの凍結乾燥サンプル(ATCC #MSA-2002)からトータルRNA を抽出し、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)を用いてrRNA を除去を行った。rRNA 除去前と除去後でNEBNext Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を用いてライブラリー調製を行い、ペアエンドでシーケンスした(2 x 75 bp)。

NCBI genome database でcomposite reference genome にアライメントとduplicate の除去後、ht-seq count により転写レベルを測定した。

 

 図3:グラム陰性菌およびグラム陽性菌に対応

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 図4:10 ng - 1 µg のトータル RNA から rRNA を除去
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大腸菌トータルRNA(1 μg, 100 ng, 10 ng)から、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)によりrRNA を除去を行った結果、すべてのインプット量で高効率でrRNA が除去されていることが示された。ライブラリー調製はNEBNext UltraII Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を使用、ペアエンド(2 x 75 bp)でシーケンス。リードをE. coli MG1655 reference genome にアライメントして、総リード数におけるrRNA リードの割合を求めた。

 

 図5:rRNA だけを特異的に除去、発現解析への影響なし(大腸菌)
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 図6:rRNA だけを特異的に除去、発現解析への影響なし(20 種類のバクテリア)
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20 種類のバクテリアプールの凍結乾燥サンプル(ATCC #MSA-2002)からトータルRNA を抽出し、NEBNext rRNA Depletion Kit(Bacteria)を用いてrRNA を除去を行った。rRNA 除去前と除去後でNEBNext Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina を用いてライブラリー調製を行い、ペアエンドでシーケンスした(2 x 75 bp)。

ライブラリーごとに400 万のリードペアをサンプリングし、composite genome にマッピング後、除去前と除去後の転写レベルの相関性を確認した。各インプット量で、ほとんどの種において、アノテーションされたRNA は効果的に除去されており、また、rRNA 除去前と除去後で相関がみられる。

キット内容

・NEBNext DNase I

・NEBNext Thermostable RNase H

・NEBNext Bacterial rRNA Depletion Solution

・RNase H Reaction Buffer

・DNase I Reaction Buffer

・Nuclease-free Water

・NEBNext Probe Hybridization Buffer

・NEBNext RNA Sample Purification Beads