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NEBNext Ultra II FS DNA PCR-free Library Prep Kit for Illumina

NEBNext Ultra II FS DNA PCR-free Library Prep Kit for Illuminaカタログ番号:E7430

カタログ番号

サイズ

濃度

価格(税別)

保存温度

E7430S 24 rxns ¥115,000 -20C/室温
E7430L 96 rxns ¥410,000 -20C/室温

製品カテゴリ>グループ

  • NEBNext次世代シーケンサー用ライブラリー調製試薬>Illumina用(DNA, ChIP, mRNA, Small RNA)

備考

  • 備考:価格改定 (2023年4月1日)

特徴

image

 

DNA ライブラリー調製キット (イルミナ用、断片化あり、PCR フリー)
 

NEBNext Ultra II DNA PCR-free Library Prep Kit はイルミナ用 DNA ライブラリー調製試薬である。PCR で増幅せずにライブラリーを調製するため、PCR バイアスやエラーを回避できる。最少 50 ng の DNA から調製ができる。断片化酵素が含まれているため、インプット DNA として断片化が必要なゲノム DNA などを用いる。

 

DNA の断片化が不要な場合 (あらかじめコバリスなどの機器や酵素などで断片化している場合)、断片なしの NEBNext Ultra II DNA PCR-free Kit (NEB #E7410) を使用する。

 
特長:

・ PCR フリー・ライブラリー調製

・ 50 ng - 500 ng DNA より高収量でライブラリー調製
・ 断片化が必要なゲノム DNA などがインプット*
・ DNA 精製ビーズ付きキットも別途販売 (NEB #E7435)

・ 3' T を持つイルミナ社シーケンサー対応アダプターと併用可能**

・ 各ステップの試薬はモジュールとして購入可能
・ 16,000 報以上の論文実績 (NEBNext 全体)、サンガー研究所など世界各地の大型センターで導入
 
 *断片化が不要な場合、NEBNext Ultra II DNA PCR-free kit を推奨
 **本キットにはアダプターは含まれていない。NEB #E7395NEB #E7874NEB #E7876NEB #E7878を推奨
 
 
イルミナ社対応シーケンサー:

・非整列化フローセルタイプ : MiSeq、MiniSeq、NextSeq 550、HiSeq 2500 など

・整列化フローセルタイプ : iSeq 100、NextSeq 1000/2000、HiSeq 3000/4000、HiSeq X、NovaSeq 6000 など

 

 

図 1、高収量でライブラリー調製 (PCR フリー)

image 

A) 各社キットおよび推奨プロトコールを用いて、350 ng のヒト NA19240 ゲノム DNA からライブラリーを調製した。350 bp インサートをサイズセレクションした。


B) 各社キットおよび推奨プロトコールを用いて、350 ng のヒト NA19240 ゲノム DNA からライブラリーを調製した。インプットは図中 X 軸に示す量を使用、150 - 200 bp のインサートライブラリーを調製。ライブラリー調製キットとアダプターの組み合わせは以下のとおり:

 

・NEBNext Ultra II DNA PCR-free +  NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Set 1

・Kapa Hyper Plus + Kapa Dual-Indexed Adaptors

 

 

図 2、高いゲノムカバレッジ

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各社キットおよび推奨プロトコールを用いて、250 ng の NA19240 ゲノム DNA からライブラリーを調製・シーケンスをした結果、NEBNext の方が高いゲノムカバレッジを示した。


・インプット:250 ng の断片化済 ヒト NA19240 ゲノム DNA


・ライブラリー調製:NEBNext Ultra II DNA PCR-free または Illumina DNA PCR-free キット


・シーケンス:NovaSeq 6000 S4 v1.5フローセルでシーケンス (PE 2x150 bp)


・解析:シーケンスリードをアダプタートリミング (fastp 0.20.0)、Telomere-to-Telomerere chm13 reference (draft 1, bwa-mem 0.7.17) にアラインメント、デュプリケートマーク(samblaster 0.1.24)を付与、2.8Bリードを各bamからランダムにサンプリングした (sambamba view -s 0.6.8)。プライマリーカバレッジおよびパスフィルターカバレッジを評価 (mosdepth v0.3.1, -F 772)、常染色体またはミトコンドリアゲノムについてプロットした (挿入図)。期待カバレッジ (num_reads*read length/genome size) を図中の縦点線で示す。

別途必要な試薬等

・アダプターオリゴ:PCR フリー対応のもの、NEB #E7395NEB #E7874NEB #E7876NEB #E7878を推奨

・DNA 精製ビーズ:SPRIselect beads、AMPure XP Beads (Beckman Coulter, Inc.)  など

・Magnetic rack/stand (NEB #S1515 や Alpaqua, cat. #A001322 など)

など(詳細はマニュアル参照)

キット内容

・NEBNext Ultra II FS Enzyme Mix *1

・NEBNext Ultra II FS Reaction Buffer *1

・NEBNext Ligation Enhancer *2

・NEBNext Ultra II Ligation Master Mix *2

・TE Buffer

・DTT


* 本キットは PCR フリー対応であるため、PCR 酵素は含まれていない

* アダプターオリゴは別売、NEB #E7395NEB #E7874NEB #E7876NEB #E7878を推奨

*1 NEBNext Ultra II FS DNA Module (#E7810) として別途購入可能

*2 NEBNext Ultra II Ligation Module (#E7595) として別途購入可能

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